Stefan Müller wurde in Weimar geboren und absolvierte an der Hochschule für Musik in Dresden ein Dirigierstudium unter GMD Christoph Sandmann (Orchesterleitung) und Prof. Matthias Geissler (Chorleitung). Es folgen Meisterkurse bei namhaften Künstlern wie Sir Colin Davis und Prof. Rolf Reuter. Nach einem Engagement als Repetitor mit Dirigierverpflichtung folgte die Anstellung als Chordirektor und Kapellmeister am Theater Plauen-Zwickau. Dort leitete er musikalisch Produktionen wie »Evita« und »My fair Lady« und dirigierte die Opern »Der Freischütz«, »Die Zauberflöte« und »Die lustigen Weiber von Windsor«. Seit der Spielzeit 2010/2011 ist er Chordirektor am Salzburger Landestheater.